《复旦学报(自然科学版)》（双月刊）创刊于1955年，是由复旦大学主办的学术刊物。获奖情况：国家“双百”期刊；1999年获上海高校优秀自然科学学报评比一等奖。；1999年获教育部系统优秀科技期刊奖并被英国动物学记录；英国皇家化学学会文摘收录。
《复旦学报(自然科学版)》主要刊登在物理、数学、生命科学、化学、管理科学、材料与技术科学，药学等领域的基础研究和应用研究方面的学术论文、研究快报、研究简报等. 它的任务是：主要反映复旦大学自然科学类各学科的最新科研成果，也部分收取国内外具有原创性的优秀论文，促进国内外学术交流，为繁荣和发展复旦大学的科技事业服务，为我国社会主义现代化建设服务. 读者对象是国内外科技工作者、高等院校理工、医科教师和研究生等。
《复旦学报》(社会科学版)是综合性学术理论刊物。创刊于1935年6月，由复旦大学出版委员会编辑发行，是我国最早的大学学报之一。创刊初期刊发的文章包括学术论文与文艺作品两类，以后又分别出版“文史哲号”、“科学号”等。1945年后停刊。中华人民共和国成立后，学校于1954年8月成立“复旦大学学报编委会”，1955年重新正式出版《复旦大学学报》,内容分别为自然科学版、社会科学版，1966年停刊。1978年8月，《复旦学报》（社会科学版）复刊，同年11月，中华人民共和国教育部正式批准《复旦学报》（社会科学版）复刊并公开发行。
《复旦学报》(社会科学版)自复刊以来，积极刊发人文社会科学各领域的研究成果，在推动复旦师生为国家的现代化事业服务方面，起到应有的作用。学报贯彻党的“双百”方针，为繁荣我国的学术探讨而努力。学报鼓励研究新情况，探讨新问题，经常发表具有新鲜见解、材料、方法的学术论文；注意评述社会科学的新发展、介绍社会科学各学科的新成就，还十分重视对国内学派和国外思潮、流派的评价工作，因而常以其新颖的内容而吸引广大读者。学报立足本校，面向国内外，思路开阔，具有一定的深度，在国内外享有一定声誉。
《复旦学报》(社会科学版)第一、二届全国双十佳社科学报；入选国家新闻总署中国期刊方阵“双效”期刊；被北京大学图书馆、中国社会科学院文献信息中心等收入核心期刊；第三届中国出版政府奖提名奖。
《复旦学报（医学版）》是由中华人民共和国教育部主管、复旦大学主办的向国内外公开发行的综合性医药卫生类学术性核心期刊。其前身是《上海医科大学学报》，创刊于1956年6月。主要刊登基础医学、临床医学、药学、预防医学等领域的以原创性研究为主的论文，栏目形式多样，包括述评、论著、实验研究报道、临床经验交流、方法技术、临床病理（例）讨论、讲座、综述、短篇报道、个案报告等。
本刊被下列国内外权威数据库收录：波兰《哥白尼索引》（Index of Copurnicus，IC）；荷兰爱思唯尔公司《斯高帕斯数据库》（Scopus）；美国《乌利希期刊指南》（Ulrich's Periodicals Directory，Ulrich PD）；美国《生物学文摘（预评）》（BIOSIS Previews， BAP）；美国《化学文摘》（Chemical Abstracts， CA）；美国《剑桥科学文摘》（ProQuest CSA）；WHO西太平洋地区医学索引（The Western Pacific Region Index Medicus，WPRIM）；中国科学引文数据库（CSCD）核心库；中国科技论文与引文数据库；中国期刊全文数据库；中文科技期刊数据库；万方数据资源系统；中文核心期刊要目总览等。
《复旦学报（医学版）》2008年第二届中国高校优秀科技期刊奖；2010年第三届中国高校精品科技期刊。
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