《福建医科大学学报》（社会科学版）（季刊）创刊于2000年，是由福建医科大学主办的综合性社会科学学术期刊。《福建医科大学学报》（社会科学版）主要反映高教改革与创新，交流高等医学教育和社会科学的研究成果，为教学科研工作服务。主要读者对象为高（中）等医学院校师生、临床医院医护人员和医学教育研究、管理人员等。《福建医科大学学报》为医药卫生综合性学术期刊，主要刊登基础医学，临床医学，预防医学等方面的论文，病理（例）讨论，病案报告，新技术与方法，新仪器与药品，文献综述，专题讲座，学术讨论与动态等。主要栏目：论著、临床研究、技术与方法、综述、讲座、临床病理讨论、实验研究、个案报道。《福建医科大学学报》1989年福建省高校学报自然科学学报优秀编辑质量评比二等奖；1992年福建省首届优秀科技期刊评比二等奖；1993年华东地区优秀期刊评比二等奖；1995年福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比二等奖；1995年全国高校自然科学学报系统优秀学报评比三等奖；1996年福建省第二届优秀科技期刊评比二等奖；1999年福建省高校自然科学学报系统优秀学报评比一等奖；2004-2006年被国家科技部收录为"中国科技论文统计源期刊"（中国科技核心期刊）；2004年全国高校优秀科技期刊评比二等奖。
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